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肿瘤特异性环状RNA来源抗原肽被证实存在于肝胆肿瘤中 Article

王文闻, 马莉丽 , 邢政, 苑廷淦, 包金霞, 朱妍静, 赵晓芳, 赵燕, 宗雅丽, 张雅妮, 莘似韵, 邱辛瑶, 杨帅, 王红阳, 高栋, 王鹏, 陈磊

《工程（英文）》 2023年第22卷第3期页码 159-170 doi: 10.1016/j.eng.2022.06.008

摘要：在本研究中，利用肝胆肿瘤类器官分析了环状RNA（circRNA）作为肿瘤抗原肽新来源的潜力。使用RNA测序（RNA-seq）和基于算法的评分工具，预测出27 个类器官中3950 个肿瘤特异性circRNA 可翻译18 971 条抗原肽。通过对5 个类器官进行基于质谱的免疫肽组学分析，直接证实其中三个类器官的13 条抗原肽为HLA-A、HLA-B 和HLA-C（HLA-ABC）结合肽。细胞杀伤实验证实，经circRNA 来源免疫原性肽活化的T 细胞可杀伤类器官细胞。值得注意的是，来自circTBC1D15 的抗原肽YGFNEILKK不仅可以被HLA-ABC呈递，还能活化T细胞，显著降低肿瘤类器官活率。

关键词：肿瘤抗原患者来源肝胆肿瘤类器官环状RNA 基于质谱的免疫肽组学

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类器官技术及其在消化系统肿瘤的临床应用 Review

赵晓芳, 姜有海, 刘春良, 侯明慧, 王红阳, 付静

《工程（英文）》 2022年第9卷第2期页码 123-130 doi: 10.1016/j.eng.2021.04.017

摘要：

消化系统肿瘤包括食管癌、胃癌、结直肠癌、肝癌和胰腺癌，在全球的发病率和死亡率都很高。由于目前的肿瘤研究模型不能完全模拟原始肿瘤的关键特征，常导致基础研究不能转化用于临床实践。肿瘤发病机制的探索和抗癌药物的开发迫切需要更优化的肿瘤模型。类器官来源于组织和多能干细胞，是体外培养的三维自组织型的器官结构，准确地模拟了原始组织的组织学特征和遗传异质性。利用肿瘤患者的组织可以高效地建立正常和肿瘤类器官。本文总结并讨论了消化系统类器官的构建方法，及其作为一种新模型在基础癌症研究、临床前实践和个性化治疗中的应用。

关键词：类器官消化系统肿瘤个性化治疗

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用于器官芯片的工程化血管系统 Review

Abdellah Aazmi, 周竑钊, 李雨亭, 俞梦飞, 许晓斌, 吴钰桐, 马梁, 张斌, 杨华勇

《工程（英文）》 2022年第9卷第2期页码 131-147 doi: 10.1016/j.eng.2021.06.020

摘要：

器官芯片技术是一种很有前途的三维（3D）动态培养方法，可确保准确高效的细胞培养，在临床前试验中具有替代动物模型的巨大潜力。血管系统是人体内最丰富的器官，在氧气交换和物质传递中起着至关重要的作用，是组织器官生存的决定性因素。因此，必须将血管系统集成到器官芯片中，以重建组织和器官微环境及其生理功能。本文讨论了血管与新兴器官芯片技术之间的协同作用，为复现生理学和疾病特征提供了更好的可能性。此外，回顾了血管化的器官芯片制造过程的不同步骤，包括使用不同生物制造策略的结构制造和组织构建。最后，概述了这项技术在器官和肿瘤培养这个有极具吸引力且快速发展的领域的适用性。

关键词：器官芯片血管生物打印肿瘤芯片

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扩大乙烯装置原料来源的思考与实践

曹湘洪

《中国工程科学》 2001年第3卷第5期页码 35-43

摘要：

从烃类原料裂解制乙烯的裂解性能和烃类馏份馏程及组成相关研究结果出发，提出了与世界乙烯原料轻质化的大趋势不同的扩大乙烯原料来源的思路：大庆原油的重馏份油即常三、减一线油和减二、减三线油酮苯脱蜡副产的蜡下油可以作乙烯原料

关键词：乙烯原料来源

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组织工程中肾脏血管化构建的领先方法 Review

Diana S. Lim, John D. Jackson, Anthony Atala, James J. Yoo

《工程（英文）》 2022年第19卷第12期页码 117-127 doi: 10.1016/j.eng.2022.05.004

摘要：目前的治疗受制于可供应的活器官，而世界范围内均缺乏这种器官。这些治疗模式还需要大量的基础结构，这也极大地限制了大多数国家的患者获得医疗服务的机会。尽管在生物制造和全器官组织工程方面已经取得了许多进展——主要是在过去的10 年中取得的，但仍然存在许多挑战。本文主要涉及近年来解决血管问题取得的进展，包括脉管系统的生物制造、通过脱细胞和再细胞化方法实施全器官工程、微尺度器官形成，以及在肾脏组织工程背景下使用类器官取得血管化。

关键词：肾脏血管形成组织工程生物制造类器官

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利用脑机接口技术帮助失语患者“说话”

Chris Palmer

《工程（英文）》 2022年第9卷第2期页码 3-5 doi: 10.1016/j.eng.2021.12.004

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2008—2017年河南省腹泻患者来源单相鼠伤寒沙门菌ST34的基因组流行病学特征研究 Article

穆玉娇, 李瑞超, 杜鹏程, 张沛, 李岩, 崔生辉, Séamus Fanning, 白莉

《工程（英文）》 2022年第15卷第8期页码 34-44 doi: 10.1016/j.eng.2022.05.006

摘要：本研究对2008-2017年分离自腹泻患者的100株序列型34型（ST34）S. 4,[5],12:i:-开展的流行情况、耐药表型和群体基因组学的分析发现：多数菌株对氨苄西林、链霉素、磺胺类和四环素耐药（耐药表型ASSuT）；基于贝叶斯系统发育分析，中国分离株起源于欧洲谱系，进化为携带不同耐药基因和质粒的两个分支。操纵子插入了耐药编码区域[编码ASSuT耐药表型，包括bla_TEM-1B（氨苄西林耐药）、strAB（链霉素耐药）、sul2（磺胺类耐药

关键词：单相鼠伤寒沙门菌 ST34 流行系统发育中国谱系

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基于人工智能的肺癌NOG/PDX模型驱动基因匹配预测 Article

何雅億, 郭皓越, 刁丽, 陈宇, 朱俊杰, Hiran C. Fernando, Diego Gonzalez Rivas, 祁辉, Chunlei Dai, 汤旭蓁, 朱军, 戴家威, 何侃, Dan Chan, 杨洋

《工程（英文）》 2022年第15卷第8期页码 102-114 doi: 10.1016/j.eng.2021.06.017

摘要：

患者源性肿瘤异种移植物（PDX）是癌症药物发现和筛查的有力工具。在此，本研究建立了53 例肺癌患者的PDX模型，基因型匹配率为79.2%（42/53）。两个多变量 LR 模型显示，年龄、驱动基因突变的数量、表皮生长因子受体（EGFR）基因突变、既往化疗的类型、既往酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗和样本来源是强有力的预测因素。总之，本文建立了一个最佳预测模型来筛选肺癌患者的NOD/Shi-scid白细胞介素-2受体（IL-2R） γ^null（NOG）/PDX模型，并为建立预测模型提供了一种通用方法

关键词：机器学习患者源性肿瘤异种移植物 NOG小鼠

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免疫细胞在器官移植免疫排斥和免疫耐受中的不同作用 Review

干晓杰, 古鉴, 鞠峥, 吕凌

《工程（英文）》 2022年第10卷第3期页码 44-56 doi: 10.1016/j.eng.2021.03.029

摘要：

器官移植免疫排斥反应是由多种细胞参与的复杂的免疫应答过程，是决定移植成败和患者生存的关键因素。目前大多数器官移植患者采用免疫抑制剂和生物制剂的组合疗法来控制移植器官的免疫排斥反应，然而免疫抑制剂的使用会降低移植患者免疫系统功能，导致严重的并发症，如慢性感染、恶性肿瘤等。因
此，彻底了解器官移植免疫耐受和免疫排斥的相关机制对于开发更好的治疗方案和改善患者预后至关重要。本文对免疫细胞在器官移植免疫排斥和免疫耐受诱导过程中的作用，以及目前针对移植患者处于临床试验阶段的新型细胞治疗进行概述。

关键词：免疫细胞固有免疫细胞适应性免疫细胞器官移植免疫耐受

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外泌体CD44与整合素α6β4结合激活宿主细胞重塑肿瘤微环境促进胰腺癌恶性转移 Article

牟为, 许亚婕, 顾鹏飞, 王文斌, 李井泉, 葛阳, 王慧

《工程（英文）》 2021年第7卷第10期页码 1415-1425 doi: 10.1016/j.eng.2020.08.013

摘要：

绝大多数胰腺癌患者的死亡都是由于癌细胞迅速转移到肺、肝、脑等重要器官造成的。其中，胰腺癌肝转移是胰腺癌患者死亡率高的原因之一。来自胰腺癌细胞的外泌体通常富含跨膜蛋白，用于支持肿瘤微环境的重编程和远处转移性病变的进展。我们的研究发现，由外泌体传递的跨膜糖蛋白CD44通过重编程肿瘤微环境，参与了胰腺癌的转移过程。肝细胞选择性摄取具有高表达CD44的肿瘤外泌体，并通过刺激细胞因子、促炎因子和生长因子产生转移前生态位，最终支持肿瘤转移。我们的研究结果表明，外泌体CD44有可能作为胰腺癌临床诊断和治疗的生物标志物。

关键词：胰腺癌靶向器官转移外泌体细胞间交流 CD44

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生物三维打印——组织器官制造新途径 Review

张斌, 高磊, 马梁, 罗熠晨, 杨华勇, Zhanfeng Cui

《工程（英文）》 2019年第5卷第4期页码 777-794 doi: 10.1016/j.eng.2019.03.009

摘要：该技术有望在将来解决器官短缺问题。本文首先介绍了三类生物三维打印策略：喷墨打印、挤出打印和基于光的打印。其次，讨论了包括生物材料和细胞在内的“生物墨水”。再次，系统地总结了生物三维打印在制造实体结构或中空结构的含细胞组织器官的最新进展，包括软骨、硬骨、皮肤、肌肉和血管网络等。随后，综述了利用生物三维打印技术制造药物开发和毒性测试的器官芯片的进展。

关键词：生物三维打印实体组织中空组织器官芯片组织工程药物筛选

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类差分平衡函数的性质及其应用

张文英,李世取

《中国工程科学》 2004年第6卷第3期页码 45-52

摘要：

定义了布尔函数的类差分和类差分平衡函数，研究了类差分平衡函数的密码学性质以及构造方法。作为类差分平衡函数的应用，给出了〓上逻辑函数是完全非线性函数的充要条件，并在首先分析得到所有四元类差分平衡函数的基础上，编程搜索出〓上所有的完全非线性函数。

关键词： Bent函数完全非线性函数 2-基展开类差分类自相关函数类差分平衡函数

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利用纳米粒子进行肿瘤分子成像 Review

程震,闫雪峰,孙夕林,申宝忠,Sanjiv Sam Gambhir

《工程（英文）》 2016年第2卷第1期页码 132-140 doi: 10.1016/J.ENG.2016.01.027

摘要：多模态纳米粒子可对肿瘤的生物性和微环境做出精确评估。本文讨论了与工程化纳米粒子相关的话题，并总结了近几年来这些纳米结构在恶性肿瘤光学成像、超声成像、光声成像、磁共振成像和放射性核素显像中的应用；同时，还讨论了将纳米粒子应用到临床医学中面临的主要挑战。

关键词：肿瘤分子成像纳米粒子

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一种基于锚点的谱聚类方法 None

Qin ZHANG, Guo-qiang ZHONG, Jun-yu DONG

《信息与电子工程前沿（英文）》 2018年第19卷第11期页码 1385-1396 doi: 10.1631/FITEE.1700262

摘要：谱聚类是模式识别、机器学习和数据挖掘中最流行最重要的聚类方法之一。然而，高计算复杂度妨碍了谱聚类在大规模数据集的应用。对于具有n个样本的聚类问题，谱聚类需O(n3)时间复杂度计算图拉普拉斯矩阵特征向量。为解决该问题，提出一种新的基于锚点谱聚类方法（anchor-based spectral clustering，ASC）。将该方法与经典谱聚类方法和两种最新谱聚类加速方法，即能量迭代聚类（power iteration clustering，PIC）和基于地标聚类（landmark-based spectral clustering实验结果表明，ASC算法比经典谱聚类算法具有更快聚类速度，在效率和有效性上与现有方法相当或优于现有方法。

关键词：聚类；谱聚类；图拉普拉斯；锚点